Фамилия Закария — один из тех случаев, когда русская по форме фамилия хранит в основе библейское имя, пришедшее из древнееврейского языка. В её основе лежит личное имя Захария (или Захарий), которое в русской традиции закрепилось через греческое посредничество. Исходное еврейское имя Зехарья (זְכַרְיָה) означает «Господь вспомнил» или «память Господня» — это имя носил один из малых библейских пророков, автор книги Ветхого Завета. В русском языке имя долго бытовало в двух формах: церковнославянской «Захария» и более простонародной «Захар». Фамилия Закария, скорее всего, возникла от полной, книжной формы имени, но с характерным для разговорной речи упрощением: «х» перешло в «к» (Захария → Закария). Такая замена звуков — не редкость в народной этимологии, когда непривычное сочетание подгонялось под более привычное произношение.

С точки зрения словообразования, фамилия Закария стоит несколько особняком. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов -ов, -ин, -ский. Она образована по так называемому «нулевому» типу: основой послужило само имя в его исходной форме. Такие фамилии характерны для священнической среды и для выходцев из южных и западных регионов Российской империи (Украина, Белоруссия, юг России), где греческая или латинская форма имени нередко закреплялась без дополнительного суффикса. В отличие от фамилии Захаров (где суффикс -ов указывает на «сын Захара»), Закария буквально означает «человек по имени Закария» — то есть фамилия совпадает с самим именем. Это делает её похожей на такие фамилии, как Илья, Фома, Кузьма, которые тоже нередко оставались без суффикса, особенно в среде духовенства.

География фамилии Закария довольно широка, но не плотна. Она встречается и у русских, и у украинцев, и у белорусов, а также у народов Кавказа, где имя Закария (в форме Закари, Закарья) распространено у грузин, армян и осетин. В русском контексте фамилия чаще всего фиксируется на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Поволжье. Это не массовая фамилия, что говорит о её относительно позднем закреплении или о том, что она не перешла в разряд дворянских или купеческих — скорее всего, её носили крестьяне или священнослужители.

Споров вокруг происхождения фамилии почти нет. Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные бессуффиксные фамилии к «фамилиям из календарных имён», и случай Закария укладывается в эту модель. Альтернативная версия — что это тюркская или арабская фамилия от имени Закарийа (арабизированная форма того же библейского имени) — возможна, но маловероятна для русского контекста, так как в тюркских языках фамилии обычно имеют другой суффиксальный строй, а форма «Закария» без окончания -ев/-ов указывает именно на славянскую модель образования.

Таким образом, фамилия Закария — это редкий пример того, как библейское имя, пройдя через греческий и церковнославянский языки, закрепилось в русском быту в слегка изменённом виде и стало фамилией без дополнительных суффиксов. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были либо людьми из церковной среды, где полные имена были нормой, либо жителями южных губерний, где такие формы фамилий встречались чаще.