Фамилия Захария — это пример фамилии, которая не переделывалась под русские суффиксы, а сохранила исходную библейскую форму. Она происходит от мужского имени Захария, которое в переводе с иврита означает «помнящий Господа». В древнегреческом варианте у этого имени появилось и другое толкование — «сладкий, сахарный», что связано с созвучием греческому слову «захари» (сахар).

Имя Захария носил один из двенадцати малых пророков Ветхого Завета. Согласно библейским текстам, его пророчества отличались от других тем, что он не сулил народу скорой политической победы или прихода Мессии-завоевателя. Вместо этого Захария сосредоточился на описании грядущих страданий, пытаясь уберечь людей от ложных надежд на земное могущество. Эта мрачноватая, но глубокая деталь из жизни пророка могла повлиять на характер человека, получившего такое имя в крещении.

В русской традиции это имя чаще встречалось в сокращённых формах — Захарий, Захар. Фамилия же Захария — это полный, книжный вариант, который закрепился в семьях, где имя записывали именно в церковнославянском звучании. Чаще всего фамилия встречается на юге России, в Беларуси и на Украине, где были сильны традиции греческого православия и влияние греческой письменной культуры.

С точки зрения словообразования, фамилия Захария не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский). Она образована путём прямой передачи имени в роли фамильного прозвания. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, сам носил это имя, а не был чьим-то сыном или слугой. Такая модель характерна для духовенства и для тех слоёв населения, где фамилии складывались не через отчество, а через личное имя в его канонической форме.