Фамилия Захарькова образована от мужского имени Захария. С иврита это имя переводится как «помнящий Господа», а с древнегреческого — как «сладкий, сахарный». В основу фамилии легла одна из обиходных форм имени — Захарько. Такая модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -к- в основе указывал на уменьшительно-ласкательное или просторечное именование, а окончание -ова закрепило принадлежность потомку человека по имени Захарько.

В отличие от более распространённой фамилии Захаров, где основа — полная церковная форма имени, Захарькова встречается реже и чаще фиксируется в южнорусских и украинских говорах, где суффикс -ько был особенно употребителен. Словообразовательная цепочка здесь проста: Захар → Захарько → Захарьков (сын Захарька) → Захарькова (женская форма или форма по мужу). Таким образом, первый носитель фамилии был прямым потомком человека, которого в быту звали не Захар, а именно Захарько.

Искать корни фамилии стоит в регионах, где было распространено имя Захарий в его народных вариантах: в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также на Украине. Сословных ограничений фамилия не имела — её могли получить и крестьяне, и мещане, и казаки.