Фамилия Заляутдинов образована от имени Заляутдин — диалектной формы арабского имени Джалаутдин (Джала-ат-даи). В основе имени лежит сложная конструкция из двух смысловых частей: «джала» и «дин». Первая часть восходит к татарскому имени со значением «чистота», а вторая — к арабскому слову «дин» («религия»). В сумме имя Джалаутдин трактуется как «чистота религии». Диалектный вариант Заляутдин возник в результате фонетических изменений, характерных для татарской и башкирской языковой среды: начальный звук «дж» перешёл в «з», что дало привычное для этих регионов звучание.

Фамилию образовали по стандартной русской модели: к основе имени добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Таким образом, Заляутдинов — буквально «сын Заляутдина» или «потомок Заляутдина». Модель с суффиксом -ов типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар и башкир, но в данном случае она закрепилась и у мусульманского населения, поскольку фамилии такого типа в XIX–XX веках стали массово присваиваться всем сословиям вне зависимости от вероисповедания.

География фамилии плотно привязана к территориям расселения татар и башкир. В Книге памяти Республики Башкортостан упоминается командир взвода Заляутдинов Ахмет Каманович, родившийся в 1905 году в селе Абдуллино Илишевского района Башкирии. Эта запись — не единичный случай: большинство носителей фамилии исторически сосредоточены в Башкортостане, Татарстане и соседних областях. Встречаемость фамилии в центральной России или Сибири, как правило, объясняется миграциями в советское время.

Редкость корня — в его диалектной природе. Полная форма имени Джалаутдин в русской ономастике дала фамилии Джалаутдинов и Джалалов, а вот вариант с «з» — Заляутдинов — остался локальным, почти не выходя за пределы волго-уральского региона. По этой же причине у фамилии нет распространённых однокоренных «двойников» в других славянских языках: она целиком принадлежит тюрко-мусульманской традиции именования, адаптированной к русской фамильной системе.