Фамилия Замалютина — женская форма от Замалютин, и её разумнее всего разбирать в мужском варианте, потому что основу и суффикс легче увидеть именно там. В центре внимания здесь не корень, а то, как фамилия образована: суффикс -ин указывает на принадлежность. Это типичная патронимическая модель, но с одной оговоркой — «чей?» здесь отвечает не на отчество от крестильного имени, а на прозвище или мирское имя отца.

Основа — Замалюта. Слово это составное: «за» и «малюта». «Малюта» в русских говорах — уменьшительное от «малый», то есть невысокий человек, коротышка. Приставка «за-» в прозвищах часто работала как усилитель или указывала на крайнюю степень качества. Замалюта — это «очень маленький», «совсем кроха». Прозвище могли дать невысокому мужчине, а уже его дети стали Замалютиными. Встречается и более прозаичная версия: «малюта» — это не только рост, но и мелкий предмет, крошка, так что прозвище могло относиться к человеку щуплому или незначительному по положению.

Интересно, что фамилия не содержит суффикса -ов, который в русском языке самый массовый. -ин обычно крепится к основам на -а или -я, и Замалюта идеально вписывается в эту модель. По географии фамилия редкая, её очаги — скорее всего, северные или центральные области России, где прозвищные формы на -ута (Малюта, Замалюта) встречались чаще, чем на юге. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова нет прямого упоминания Замалютина, но модель с приставкой «за-» и корнем «мал» хорошо описана: это не единичный случай, а часть системы русских прозвищ, где «за» обозначало «чрезмерно» (ср. Заброда, Загуляй).

Дворянского происхождения у фамилии нет, как и связи с известными историческими родами. Её носители — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по прозвищу предка. В написании возможны варианты: Замалютина и Замалютины (множественное число для семьи), но ударение, судя по форме, падает на третий слог — ЗамалЮтина.