Фамилия Запахалов — это прямое указание на род занятий предка. В основе лежит прозвище Запахало, которое образовали от глагола «запахивать» — то есть начинать пахать, поднимать землю под посев. Слово «пахать» в древнерусском языке означало не просто рыхление почвы, а тяжелый крестьянский труд, на котором держалось всё хозяйство. Поэтому прозвище Запахало могли дать человеку, который первым выходил в поле или особенно усердно работал.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -лов указывает на принадлежность («чей?» — Запахалов). Такая модель типична для русских фамилий, возникших от прозвищ, оканчивающихся на -о. В быту прозвище Запахало закрепилось за пахарем как основное именование, вытеснив крестильное имя.

В ономастике фамилии на -алов нередко связывают с глагольными основами, обозначающими действие. Здесь глагол «запахивать» с приставкой за-, указывающей на начало действия. В отличие от фамилий вроде Пахомов (от имени), Запахалов прямо говорит о профессии. Встречаются однокоренные варианты: Запахаев, Запахов — но форма на -алов встречается реже, что делает фамилию более локальной.

Скорее всего, фамилия возникла в земледельческих регионах центральной России, где пашенное земледелие было основным занятием. Сословно предки Запахаловых относились к крестьянам или, реже, к однодворцам — государственным земледельцам южных рубежей. Точных дат появления фамилии нет, но массовое закрепление таких «профессиональных» фамилий происходило в XVI–XVII веках, когда крестьянам начали присваивать фамилии по роду занятий.