Фамилия Запахов образована от прозвища Запах, и в её основе лежит слово «запах» (аромат). Скорее всего, Запахом называли человека с отличным чувством обоняния — такая черта была заметна и давала прозвище, которое затем закрепилось в роду.

Но есть и другая версия, связанная с ударением. Если фамилия произносится с ударением на второй слог (Запа́хов), корень меняет смысл: в диалектах «запах» — это то, что запахивается, то есть верхняя пола одежды, которая накладывается на другую. Так могли прозвать человека, который постоянно носил одежду с запахом, или того, кто шил такую одежду.

Третья версия — прозвище могли дать трудолюбивому крестьянину, усердно обрабатывающему пашню. В этом случае «запах» связан с глаголом «пахать», и прозвище означало «тот, кто пашет землю». Такая трактовка особенно правдоподобна в земледельческих регионах, где прозвища по работе были обычным делом.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Запахов — потомок Запаха. Встречается она редко, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или ремесленной среды, где прозвища передавались по наследству.