Фамилия Запахова — женская форма фамилии Запахов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Самая вероятная версия связывает основу с прозвищем Запах, которое могли дать человеку по запаху, исходящему от него или его занятий. В крестьянской среде такое прозвище мог получить, например, кожевник или рыбак — ремесленник, чья работа оставляла стойкий «дух», или же просто неряшливый человек. Однако не стоит торопиться с негативной трактовкой: в диалектах слово «запах» могло означать не только неприятный, но и резкий, характерный запах, например, от свежего сена или трав. В таком случае прозвище могло быть нейтральным или даже положительным, указывая на занятие, связанное с пахучими растениями или продуктами.

Суффикс -ов в мужской форме фамилии указывает на типичную модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Фамилия Запахов — сравнительно редкая, не входит в списки массовых дворянских или купеческих родов. По данным переписей и архивов, её носители чаще встречаются в центральных и южных регионах России, где были развиты ремёсла, связанные с дублением кож или переработкой сельскохозяйственной продукции. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён (Иванов, Петров), эта фамилия напрямую отсылает к бытовой характеристике человека, что типично для «мирских» прозвищ, закрепившихся в XVI–XVII веках.

Встречается и альтернативная, менее убедительная версия: от слова «запах» как части сложного термина, например, «запах» в значении «порог» или «край» в некоторых говорах. Но эта гипотеза не подкреплена надёжными источниками, и большинство ономастов сходится именно на «обонятельной» основе. Таким образом, предки носителей фамилии Запахова, скорее всего, были людьми, так или иначе связанными с сильными, запоминающимися запахами — ремесленниками, земледельцами или торговцами пряностями.