Фамилия Запеклая — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или поведению, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит глагол «запекаться» в переносном значении. Так в народе говорили о человеке с очень смуглой, обветренной или загорелой до черноты кожей, который словно «запёкся» на солнце. Сравните с диалектными словами «запеклый» — засохший, зачерствевший, или «запеканка» — о загоревшем человеке. В северных и южных говорах это слово могло относиться и к тому, кто «запёкся» от горя, стал мрачным и нелюдимым, то есть прозвище могло характеризовать и внутреннее состояние.

Обращает на себя внимание окончание -ая. Это не типичная модель для русских фамилий, которые чаще всего заканчиваются на -ов, -ин или -ский. Форма на -ая — характерный признак южнорусских и украинских фамилий, возникших из прилагательных. В сёлах Воронежской, Курской, Белгородской губерний, а также на Кубани и Дону прозвище Запеклый легко превращалось в фамилию без дополнительных суффиксов: в документах писали «Иван Запеклый», а о его жене — «Анна Запеклая». Со временем женская форма закрепилась как общая фамилия для всего рода, что бывает, если родоначальницей была вдова или запись велась по матери.

Менее вероятна, но возможна связь с профессиональной средой. В говорах «запеклой» называли глину, обожжённую до твёрдости, или корку на хлебе. Теоретически прозвище мог получить пекарь, чей хлеб часто подгорал, или гончар, работавший с пережжённой глиной. Однако эта версия уступает первой: прозвища по цвету кожи встречались гораздо чаще, чем по качеству выпечки.

Среди однокоренных фамилий — Запёклый, Запеклов, Запекловский. Все они редкие, их носители рассеяны по югу России и Украине. Фамилия Запеклая не входила в число дворянских, не упоминается в родословных книгах — это крестьянское или казачье прозвание, которое точно передавало внешнюю примету предка.