Фамилия Запекин образована от прозвища Запека. Вероятно, оно ведет свое начало от глагола «запекать», значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет следующим образом: «печь, обертывая в тесто или замазывая наглухо в горшке». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Запека относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть искусным пекарем, поваром, кулинаром. Согласно другой гипотезе, прозвище Запека этимологически связано с распространенным в новгородских говорах существительным «запек» - «загар лица и тела». В таком случае прозвище Запека отражало особенности внешности предка (загорелую или смуглую кожу). Так и прозвище Запека закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Запекин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Запека, со временем получил фамилию Запекин.