Фамилия Запекина образована от прозвища Запека, и сразу бросается в глаза её «профессиональный» след. В основе лежит глагол «запекать»: В. И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» поясняет это действие как «печь, обертывая в тесто или замазывая наглухо в горшке». Значит, предок с таким прозвищем мог быть искусным пекарем или поваром, который умел готовить блюда в закрытой посуде, — ремесло в старину было заметным и давало меткое уличное имя.

Но есть и вторая, менее очевидная версия. В новгородских говорах бытовало слово «запек» — загар лица и тела. Если принять эту гипотезу, прозвище Запека отражало внешность: смуглую или сильно загоревшую кожу. Такое именование могли дать человеку, который много работал под солнцем, — например, пахарю или рыбаку. Какая из версий правдоподобнее? Первая, профессиональная, выглядит весомее: глагольная основа «запекать» даёт прямую связь с действием, а не с состоянием, и в русских фамилиях модели от названий ремесёл встречаются чаще, чем от диалектных черт внешности.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Запекина — «дочь или жена Запеки», то есть потомок человека по прозвищу Запека. Фамилия довольно редкая, и её география тяготеет к центральным и северным областям России, где глагол «запекать» был в ходу в кулинарном смысле. В отличие от массовых фамилий вроде Кузнецов или Попов, Запекина сохраняет узкое, почти ремесленное звучание — она как будто несёт запах печи и закрытого горшка.