Фамилия Заполицына — женская форма от Заполицын, и её разумнее разбирать в мужском варианте, так как именно он хранит корень. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Заполица, а тот, в свою очередь, образован от слова «полица» с предлогом «за». «Полица» в русских говорах — не просто полка, а вполне конкретная деталь крестьянского быта: широкая доска вдоль стены избы, на которой спали или хранили утварь; или же навес, полати. Реже — прилавок в лавке. Человек, которого прозвали Заполицей, мог жить «за полицей» (то есть в дальнем углу, за полатями) либо постоянно сидеть или работать у такого прилавка. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Заполицын, то есть сын или потомок Заполицы.

География фамилии довольно узкая. По данным открытых источников и переписей, основное гнездо Заполицыных — северные и центральные губернии России, особенно Вологодская и соседние с ней области. В Вологодчине слово «полица» в значении «полка-лежанка» было в ходу, что укрепляет версию о бытовом прозвище. Встречается фамилия и на Урале, куда переселенцы с Севера принесли свой говор. Южнее, в черноземных областях, она редка или отсутствует — там «полицей» называли нечто иное или не называли вовсе.

Интересна словообразовательная параллель: фамилия Заполицын стоит в ряду с такими, как Заполенов, Запечников, Заугольников. Все они — «пространственные» прозвища, указывающие на место человека в избе или на дворе. Заполица — тот, кто держался в глубине, у стены, возможно, нелюдимый или просто живший в тесном закутке. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на владение землей, Заполицын — чисто русская, демократическая фамилия, вышедшая из крестьянской или посадской среды.

Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не числится. Встречается она в среде духовенства, но редко: священникам часто давали фамилии по названиям сел или церквей, а «заполица» — слишком бытовое слово для семинарской традиции. Скорее всего, предки носителей фамилии — вольные или крепостные крестьяне Русского Севера, которые получили прозвище по месту в доме, а оно закрепилось за родом.