Фамилия Заполин образована от прозвища Заполя. В словаре Владимира Даля слово «запольный» означает «лежащий за полем или за полями, за пашнями, далее них». Исходное прозвище указывало на место жительства или род занятий.

Скорее всего, Заполей называли человека, который жил «за полем» — то есть на окраине села, на дальнем участке, в отдалении от основной застройки. Такое положение нередко давало и социальный оттенок: в некоторых говорах «запольщиками» называли крестьян, чьи наделы находились на дальних полях, в отличии от тех, кто жил в центре деревни. Вторая, менее известная версия, связывает прозвище с внутренним устройством избы: «заполье» — это задняя половина избы, иногда отделенная перегородкой, казенка или стряпная. Тогда Заполей могли назвать человека, который постоянно находился в этой части дома, либо занимал там место.

По словообразовательной модели фамилия типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Заполин, то есть сын или потомок Заполи). Такая форма характерна для прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на согласный.

Родственные фамилии — Запольский, Запольнов, Заполянский — образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Запольский чаще встречается в польской и западнорусской традиции, где -ский указывал на дворянское или шляхетское происхождение, но в крестьянской среде эта форма тоже встречалась. Заполин же — фамилия более демократичная, без сословной окраски.

В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Заполя в Вологодском и Архангельском уездах, что подтверждает севернорусские корни фамилии. Современные носители фамилии Заполин живут преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что согласуется с исторической географией прозвища.