Фамилия Запольский (а в просторечии и Запольский) образована от топонима — названия деревни или села Заполье. Таких населённых пунктов на территории бывшей Российской империи десятки, особенно много их на северо-западе: в бывших Новгородской, Псковской, Смоленской, Витебской губерниях, а также в современной Беларуси и Польше. Название Заполье в древности означало «земля за полем», то есть участок, расположенный за пределами основного поля или за околицей. Человек, живший в таком месте или владевший там наделом, получал прозвище Запольский — «тот, кто из Заполья». Позже это прозвище закрепилось как фамилия.

Модель образования типична для польской и западнорусской шляхты: суффикс -ский указывал на принадлежность к месту или владению. В Речи Посполитой фамилии на -ский, -цкий считались дворянскими, и многие семьи, переходя в православие, сохраняли эту форму. Поэтому среди носителей фамилии Запольский могли быть как крестьяне, переселённые из деревни Заполье, так и мелкопоместные дворяне, чьи предки владели таким имением. В документах XVIII–XIX веков встречаются варианты написания: Запольский, Запольской, реже — Запольский через «а» (под влиянием акающего произношения). Современная литературная норма — Запольский, хотя в быту возможны колебания.

Стоит отличать её от фамилии Запольский, которая может иметь то же происхождение, но нередко возникает и независимо: от диалектного слова «заполье» (заливной луг, пожня) или от прозвища человека, который «за полем» живёт. Однокоренные фамилии — Запольнов, Запольцев, Запольский — встречаются реже и обычно связаны с теми же географическими корнями. В целом фамилия Запольский — яркий пример того, как географическая привязка, утратившая практический смысл, превратилась в устойчивый родовой знак.