Фамилия Зарубайко звучит как отголосок казачьей вольницы, и это ощущение не обманывает. Её основа — украинский глагол «зарубати» (рубить, засекать), а суффикс -айко типичен для украинских прозвищ, образованных от глагольных форм. Такой суффикс (как в фамилиях Дергай, Стреляй) превращал действие в имя человека: Зарубайко — «тот, кто зарубает», «зарубала». В отличие от более распространённых фамилий на -енко, эта модель встречается реже и указывает на прозвище, данное за характер или занятие, а не на сына по отцу.

Скорее всего, Зарубайко — потомок человека, который либо рубил лес (дровосек, лесоруб), либо славился рубкой в бою (казак-рубака). В среде запорожских и донских казаков такие прозвища были в ходу: «зарубать» означало не только рубить шашкой, но и «засекать дорогу», «преграждать путь». Возможно, первый носитель получил кличку за то, что первым бросался в сечу или, наоборот, был мастером засек — лесных завалов, которые устраивали для обороны. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным «заруба» — зарубка, метка на дереве; тогда прозвище мог получить лесник или бортник, делавший зарубки на деревьях.

Географически фамилия привязана к левобережной Украине и югу России. Наибольшая плотность носителей — в Черниговской, Полтавской, Сумской областях, а также в Краснодарском крае и Ростовской области, куда переселялись казаки. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается среди казачьих реестров, реже — среди крестьян. Интересно, что в русских переписях её нередко записывали на слух: Зарубайко, Зарубаев, а иногда и Зарубин, путая с более частой фамилией. Но именно форма на -ко сохранила украинский след.

Сословная принадлежность предков Зарубайко — почти наверняка казачество или вольные землепашцы. Дворянских родов с такой фамилией история не знает, зато в списках кубанских и терских казаков она встречается не раз. Фамилия не стала громкой в науке или искусстве, но её носители — это люди, чьи предки умели держать шашку и топор, ценили резкость и прямоту. Прозвище, ставшее фамилией, говорит о силе и решительности, а не о происхождении от имени или профессии ремесленника.