Фамилия Зайникеева — редкий пример женской формы, образованной от мужской фамилии Зайникеев. Сама основа фамилии — тюркская, и это сразу указывает на её вероятное происхождение от имени или прозвища. В тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, частотны сложные имена и прозвища, где первая часть «Зайни-» восходит к арабскому «зайн» — «красота, украшение» (часто встречается в именах вроде Зайнулла, Зайнаб). Вторая часть «-кеев» или «-киев» — скорее всего, искажённая форма тюркского «кей» или «кий» — «человек, мужчина, богатырь», либо же от имени Кей (Кий) как такового. Таким образом, Зайникеев — это «красивый (или украшенный) человек/богатырь», то есть имя-пожелание.

Суффикс «-ев» в финале — русский патронимический формант, который присоединили к тюркской основе при адаптации в русской среде. Это типичная модель для фамилий волго-уральского региона: татары, башкиры, мишари, принимая православие или просто попадая в русскую документацию, получали фамилии на -ов/-ев от своих имён. Фамилия Зайникеева, следовательно, принадлежит к пласту так называемых «тюрко-русских» фамилий, которые массово фиксировались в XVI–XIX веках.

Географически фамилия редкая, её очаги — вероятно, южный Урал (Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье) или Западная Сибирь, куда переселялись татары и башкиры. Встречается она и у крещёных татар (кряшенов), которые часто сохраняли исходные имена в фамилиях. В дореволюционных метрических книгах носителей фамилии Зайникеевых можно найти в сёлах Уфимской и Оренбургской губерний.

Поскольку фамилия женского рода (окончание -а), то её носительница, скорее всего, происходит из семьи, где главу звали Зайникеем. Сама форма «Зайникеева» — типичный случай, когда в документах фиксировали жену или дочь по отцу (например, «вдова Зайникеева»), а затем фамилия закрепилась за всем родом в женском варианте — такое бывает, если в семье не было сыновей или если запись вели по материнской линии.

В отличие от распространённых фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Зайникеева — редкая и локальная. Это значит, что её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, и генеалогический поиск может быть успешным при обращении к метрическим книгам конкретных уездов бывшей Уфимской губернии.