Фамилия Зайникаева — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище с прозрачной, но неочевидной внутренней формой. Чтобы понять её, разложим фамилию на части: корень «зайник-», суффикс принадлежности «-ев-» и окончание «-а», указывающее на женский род. Мужской вариант — Зайникаев. Ключевой элемент здесь — «зайник», слово, которое в русских говорах имело два основных значения.

Первое и самое прямое — «зайник» как уменьшительно-ласкательное или пренебрежительное название зайца (ср. «зайка», «заинька»). Так могли прозвать человека за робость, пугливость, длинные ноги или, наоборот, за плодовитость (заяц — символ плодовитости в народной культуре). Второе, более редкое значение — «зайник» как человек, который занимается ловлей зайцев, охотник на зайцев. В некоторых диалектах слово «зайник» фиксировалось именно в этом профессиональном смысле, что делает фамилию потенциально «ремесленной».

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ник (охотник, рыбник, сапожник) плюс патронимический суффикс -ев. Фамилия явно недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, возникла в среде, где прозвища давали по поведению или занятию. Географически фамилия Зайникаева встречается в основном в Поволжье, особенно в Татарстане и Башкортостане, что может указывать на контактную зону русских и тюркских языков. В тюркских языках есть схожие по звучанию имена (например, Зайни, Зайнулла), но корень «зайник» — однозначно славянский, а не заимствованный. Скорее всего, фамилия возникла в русскоязычной среде, но позже распространилась среди народов, использующих русские фамилии.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Зайников, Зайничкин — показывает, что «зайник» как основа встречается редко, что делает Зайникаева уникальной не только по звучанию, но и по происхождению: она сохранила диалектное слово, которое почти исчезло из живого языка.