Фамилия Зайниева образована от мужского имени Зайни, которое в свою очередь восходит к арабскому Зайн (زين) — «краса», «украшение», «достоинство». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя Зайни (Зайнетдин) было распространено как часть сложных теофорных имен, например, Зайнетдин («украшение веры»). Усеченная форма Зайни стала самостоятельным именем, от которого и пошла фамилия.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ: так оформляли фамилии крещеных татар или тех, кто жил в смешанной среде. В Поволжье и Приуралье фамилии на -ев от имен Зайни встречаются часто, причем ударение обычно падает на второй слог: Зайни́ев. Женская форма Зайниева — это, по сути, «дочь или жена человека по имени Зайни».

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от русских основ на -а/-я, суффикс -ев в данном случае — признак адаптации восточного имени в русской документальной традиции. Если бы фамилия образовалась в чисто татарской среде, она могла бы звучать как Зайни (без суффикса) или Зайни улы (с патронимическим показателем). Форма Зайниева — результат канцелярской записи в метрических книгах или при переписях, когда имя записывали «по-русски» с добавлением суффикса.

Встречается фамилия преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарских диаспор в Средней Азии. Носители фамилии — потомки тех, кого в XIX веке называли по отцу: «Зайниев сын» или «Зайниева дочь». Прямой связи с конкретным ремеслом или сословием нет — это чисто патронимическая фамилия, указывающая на личное имя предка.