Фамилия Зеберова — женская форма мужской фамилии Зеберов, и её происхождение, скорее всего, связано с географическим названием или прозвищем, а не с русским именем. Основа «Зебер» не встречается в списке древнерусских канонических имён, поэтому искать корни стоит либо в тюркских, либо в финно-угорских языках, либо в немецких диалектах.

Наиболее вероятная версия: фамилия образована от прозвища Зебер. В ряде тюркских языков (например, в татарском или башкирском) слово «зәбәр» или близкое к нему может означать «сильный», «крепкий», «могучий». Если предок носителя фамилии происходил из Волго-Уральского региона, где активно смешивались русские и тюркские народы, прозвище Зебер могли дать человеку с незаурядной физической силой. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «Зеберов» — сын или потомок Зебера.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: фамилия могла возникнуть от немецкого слова Seber (вариант написания Seiber, Zeber) — так в некоторых диалектах называли человека, который занимался просеиванием муки или зерна (от глагола sieben — «сеять», «просеивать»). В этом случае фамилия относилась бы к «профессиональным» прозвищам немецких колонистов, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Россию. Однако написание с буквой «З» в начале (а не с «С») делает эту версию менее вероятной — в русской передаче немецкое Seber обычно давало бы фамилию Себеров.

Встречаемость фамилии Зеберова невысока, она тяготеет к регионам Поволжья и Урала, что косвенно подтверждает первую, тюркскую версию. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия изредка фиксируется среди крестьян и мещан, но не в дворянских родословных. Таким образом, предки Зеберовых, скорее всего, были крепкими людьми из смешанной русско-татарской среды, а сама фамилия — памятником языкового контакта, где тюркское слово обрело русскую фамильную форму.