Фамилия Зеленковец — редкий случай, когда суффикс выдаёт географию точнее, чем корень. Окончание «-ец» в восточнославянских фамилиях почти всегда указывает на выходца из определённого места: поляк, белгородец, тверич. Зеленковец — это человек, который родом из населённого пункта с названием Зеленково, Зеленков или Зеленковичи. Такие топонимы рассыпаны по Украине, Беларуси и западным областям России — от Волыни до Смоленщины. Фамилия закрепилась за переселенцем, который переехал в другую местность и получил прозвище по прежнему месту жительства.

Корень «зелен-» в основе названия мог означать и цвет (зелёная трава, лес), и молодой, незрелый — в древнерусском языке «зелёный» имело оба значения. Село Зеленково могло стоять среди буйной растительности, а могло получить имя от первого поселенца с прозвищем Зеленый — так называли юношу или неопытного человека. В любом случае, фамилия не связана напрямую с ремеслом или профессией, а целиком построена на топонимике.

Словообразовательная модель проста: топоним Зеленков (или Зеленково) плюс суффикс «-ец», обозначающий принадлежность к местности. По тому же принципу возникли фамилии Беловец (из Белова), Кривцовец, Городец. Суффикс «-ец» в русских фамилиях встречается реже, чем «-ов» или «-ин», поэтому Зеленковец — признак западного или южного происхождения рода, где такая модель была распространена шире.

В документах фамилия могла писаться по-разному: Зеленковец, Зеленковець (с мягким знаком в украинской традиции), а в польском варианте — Zielenkowiec. Встречаются и однокоренные фамилии Зеленков, Зеленковский — они образованы от тех же географических названий, но с другими суффиксами. Носители Зеленковец чаще всего встречаются в Черниговской, Киевской и Брянской областях, что подтверждает привязку к исторической территории Северской земли.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Зеленковцами могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки. Всё зависело от того, в каком именно Зеленкове жили предки. Единственное, что объединяет всех носителей — их предок когда-то ушёл из родного села и на новом месте стал «тем самым Зеленковцем».