Фамилия Зеленя — редкий пример, где основа сохранила старую уменьшительную форму без фамильного суффикса. В русской модели фамилий на -а/-я обычно стоят суффиксы -ин или -ов (Зеленин, Зеленов), но здесь слово застыло в виде прямого прозвища или имени. Исходное слово — «зеленя»: так в южных и западных говорах называли молодую озимь, только взошедшие хлеба, зеленые всходы. Человек мог получить такое прозвище по цвету глаз, по роду занятий (крестьянин, занятый озимыми), а мог и по характеру — «зеленый» в смысле неопытный, молодой.

Вторая версия, менее вероятная, — что перед нами белорусская или украинская форма от имени Зеленя, которое в народном календаре иногда давали ребенку, родившемуся в Зеленые святки или на Троицу. Но это скорее народная этимология: прямых документальных подтверждений, что Зеленя было каноническим именем, нет.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям: чаще всего встречается в Воронежской, Курской, Белгородской областях и на востоке Украины. Там слово «зеленя» в значении «всходы» было в обиходе до XX века.

Интересная деталь: фамилия Зеленя может быть патронимом без суффикса, что для русского языка нетипично. Обычно такие формы — результат поздней фиксации, когда писарь записал прозвище в родительном падеже или просто не добавил окончание. В польской традиции, напротив, фамилии на -я (Zieleń) — обычное дело, и Зеленя могла прийти оттуда через переселенцев.

Родственные фамилии — Зеленский, Зеленцов, Зеленин — образованы от тех же корней, но по разным моделям. Зеленя стоит особняком: в ней нет типичного русского «хвоста», что делает её похожей на украинские или польские прозвищные фамилии, где слово не переделывали, а оставили как есть.