Фамилия Зельковский — одна из тех, что сразу выдают своё географическое и языковое происхождение. Её основа и суффикс указывают на польскую или западнорусскую (белорусскую, украинскую) модель образования.

Суффикс -ский в славянских фамилиях традиционно означал принадлежность к местности или владению. Так образовывались фамилии шляхты и дворянства, но со временем эта модель распространилась и среди других сословий. Поэтому Зельковский — это, скорее всего, «тот, кто из Зелькова» или «владелец Зелькова». Названий с корнем «Зельк-» на карте Польши, Беларуси и Украины несколько: деревни Зельки, Зельково, а также город Зельва (Гродненская область). В основе этих топонимов, по всей вероятности, лежит слово «зелье» — в древнерусском и польском языках так называли траву, лекарственные растения или даже яд. Таким образом, Зельковский — это человек, чьи предки жили в месте, где было много зелени, трав, или, возможно, занимались сбором и продажей лекарственных растений.

Интересно, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от прозвищ или профессий отца, фамилия Зельковский изначально несла территориальную привязку. В польской традиции такие фамилии (с окончанием -ski) были особенно характерны для мелкой шляхты, которая брала себе фамилию по названию родового имения или хутора. Поэтому предки Зельковских могли быть небогатыми землевладельцами, арендаторами или крестьянами, жившими в одноимённом поселении.

Двойственных трактовок у этой фамилии немного. Версия, что она происходит от личного имени, например, уменьшительной формы от Зелик (Зелиг — еврейское имя, означающее «счастливый»), маловероятна: суффикс -ский нехарактерен для еврейских фамилий, которые чаще заканчивались на -ович, -ман или -берг. Правдоподобнее всего именно топонимическая версия, связанная с польско-белорусским пограничьем.

В написании фамилии встречаются варианты Зелковский или Зельковски (в польской транскрипcji), но русская норма закрепила мягкое «ль» и окончание -ий. Носители фамилии сегодня встречаются в России, Беларуси и Польше, что подтверждает её западнославянские корни.