Фамилия Зернаева — женская форма фамилии Зернаев, и её разговорная версия Зернова (с ударением на первый слог) подсказывает сразу две возможные основы. Первая и самая очевидная: от слова «зерно». В русских говорах «зернаем» или «зерняем» могли называть человека, который занимался зерном — молотильщика, мельника, торговца, либо просто крестьянина, у которого был большой урожай. Вторая версия, менее прозрачная, но реальная: основа «зерн» могла быть прозвищем от диалектного «зерный» — то есть сердитый, бранчливый, сварливый. В некоторых областях так говорили о человеке с тяжёлым характером.

Суффикс -аев указывает на тюркское или кавказское влияние в словообразовании. В русских фамилиях суффикс -аев характерен для фамилий, возникших на юге России, в Поволжье и на Северном Кавказе, где смешивались славянские и тюркские традиции именования. В отличие от стандартного русского -ов/-ев, форма на -аев могла появиться как адаптация тюркского имени или прозвища, оканчивающегося на -ай. Например, тюркское имя Зернай (гипотетически от слова «зерно» или от личного имени) давало бы фамилию Зернаев — «сын Зерная».

Географически фамилия Зернаева встречается редко, и её очаги — в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это подтверждает версию о юго-восточном происхождении. В документах XIX века Зернаевы фигурируют среди государственных крестьян и казаков, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, связанных с хозяйством или характером.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Зернов, Зернин, Зернюков — показывает, что Зернаева стоит особняком: она не использует стандартный суффикс принадлежности -ов, а сохраняет архаичный -аев, что делает её ценной для ономастов как пример регионального словообразования. Если ваш предок был Зернаевым, скорее всего, он жил на границе степной и лесной зон, где смешивались русские и тюркские обычаи, и его прозвище могло одновременно означать и «зерновщик», и «ворчун» — в зависимости от того, кто и за что его назвал.