Фамилия Зезюкин — редкий случай, когда прозвище-основа почти наверняка имеет диалектную природу и связана с характером или поведением человека, а не с профессией или именем.

В центре фамилии — корень «зезюк-». В русских говорах, особенно южных и западных, «зезюля» или «зезюка» — это кукушка (от общеславянского žegъza, zegъza, того же корня, что и «зегзица» в древнерусском). Но прозвище Зезюка, скорее всего, дали не человеку, который кукует, а тому, кто похож на кукушку поведением: беспокойному, суетливому, или, наоборот, одинокому и скрытному. В некоторых говорах слово «зезюка» могло означать плаксу или нытика — по протяжному, жалобному крику птицы.

Модель образования проста и типична для русских фамилий XVI–XVII веков: прозвище Зезюка → притяжательное прилагательное с суффиксом -ин (чей? — Зезюкин сын) → фамилия. Суффикс -ин указывает на то, что основа оканчивалась на -а/-я. Это одна из самых распространённых моделей в северной и центральной России, в отличие от южных фамилий на -ов/-ев.

Версия о происхождении от тюркского или финно-угорского корня маловероятна: фамилия не имеет характерных примет заимствования (нет сочетаний, чуждых русской фонетике), а диалектная «зезюля» даёт исчерпывающее объяснение без натяжек.

Географически фамилия Зезюкин тяготеет к южнорусским областям — Курской, Белгородской, Воронежской, где слово «зезюля» (кукушка) бытует до сих пор. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное, а не общерусское происхождение: прозвище не вышло за пределы диалектной зоны.

Таким образом, предок носителей фамилии Зезюкин — человек, которого в своей округе прозвали Зезюкой за сходство с кукушкой: возможно, за привычку жаловаться, за беспокойный нрав или за то, что он держался особняком. Соседи вложили в прозвище наблюдательность, а не насмешку — в народной культуре кукушка птица заметная, хоть и не героическая.