Фамилия Зезюков образована от прозвища или нецерковного имени Зезюк. В её основе лежит украинское или южнорусское слово «зезюля» — так в народе называют кукушку. Суффикс -юк характерен для украинской и белорусской ономастики: он указывает на уменьшительность, а часто и на принадлежность к младшему поколению, то есть Зезюк — это «маленькая кукушка» или «сын человека по прозвищу Кукушка». Русский патронимический суффикс -ов добавился при адаптации фамилии в великорусской среде, превратив Зезюка в Зезюкова — «чей? — Зезюков».

Прозвища по птицам были широко распространены в славянской традиции. Кукушка в народном сознании — фигура неоднозначная: её связывали с предсказанием срока жизни, с тоской и одиночеством («куковать»), а в некоторых говорах — с легкомыслием или непостоянством. Вряд ли прозвище Зезюк было комплиментом, скорее оно отражало какую-то внешнюю черту, манеру поведения или бытовую ситуацию: например, человека могли так назвать за высокий голос, за привычку часто переезжать или за то, что он «куковал» в чужой избе.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам России и к востоку Украины. По данным современных исследований, Зезюковы чаще всего встречаются в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в Ростовской и на Кубани — то есть на территориях, где исторически смешивались русское и украинское население. Это объясняет и смешанную словообразовательную модель: украинская основа с русским окончанием.

В фамилии есть и редкая черта: начальное «зез» вместо более привычного «кук». В некоторых говорах кукушку называли «зегзица» (из древнерусского), и «зезюля» — это местный фонетический вариант. Так что Зезюков — не просто «кукушкина фамилия», а диалектный след, указывающий на южную или западную прародину предка.

Сословного барьера у фамилии не было: Зезюковыми могли быть и крестьяне, и однодворцы, и казаки. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия встречается среди государственных крестьян Слободской Украины и однодворцев Курской губернии — тех, кто нёс сторожевую службу на южных рубежах.