Фамилия Жангужин — одна из тех, чей корень ведёт прямиком в тюркский мир, а точнее — в казахскую и башкирскую языковую среду. В основе лежит мужское имя Жангужа, которое представляет собой сложение двух компонентов: «жан» (душа, человек) и «гуж» или «кужа» (хозяин, господин, сила). В разных диалектах «кужа» могло означать и «сват», и «владыка», так что имя Жангужа в древности понимали как «душа-хозяин» или «человек-господин» — прозвище, дававшееся либо уважаемому главе рода, либо человеку с ярким, властным характером.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от тюркских основ, особенно распространённую в Поволжье и Приуралье. Когда носители имени Жангужа попадали в русскую административную или военную среду (например, при записи в казаки или в ясачные крестьяне), их фиксировали по отчеству: «Жангужин» — то есть сын Жангужи. Это не дворянская фамилия, а скорее поздняя, крестьянская или служилая, возникшая в XVII–XIX веках.

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и западному Казахстану. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Жангужины встречаются среди башкирских и казахских родов, переходивших на оседлость или служивших в казачьих войсках. Встречается и вариант написания Жангузов — с другим суффиксом, но тем же корнем.

Интересная деталь: имя Жангужа не было каноническим мусульманским, а бытовало как народное, доисламское. Это значит, что фамилия Жангужин — редкий след домонотеистических верований и родовых прозвищ у тюркских народов. Сегодня она встречается редко, в основном в смешанных русско-тюркских регионах, и не имеет массовой базы носителей в крупных городах.