Фамилия Жангужина — женская форма, мужской вариант — Жангужин. Она редкая, и её происхождение уходит корнями в тюркскую или кавказскую языковую среду, а точнее — в казахский или башкирский языки. Основа «жан» (جان) в тюркских языках означает «душа», «жизнь», часто встречается в личных именах и прозвищах как ласковый или уважительный компонент. Вторая часть, «гужа», может быть искажением или диалектным вариантом слова «кужа» (хозяин, владыка) или «гуж» (тягловая сила, упряжь). Однако правдоподобнее версия, что «Жангужа» — это составное имя-пожелание, где «жан» (душа) соединяется с «кужа» (сильный, могучий) или с арабским «гуза» (красивый, прекрасный). Получается смысл «душа-красавица» или «живая душа».

Фамилия образована по русской модели: к основе «Жангуж» прибавлен суффикс «-ин», который указывает на принадлежность («чей?»). То есть Жангужин первоначально означало «сын (или потомок) Жангужи». Суффикс «-ин» типичен для русских фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а, -я, поэтому он легко «приклеился» к нерусскому имени.

Географически фамилия встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и в Казахстане. Это зона расселения башкир и казахов, где фамилии на «-ин» от тюркских основ — обычное явление. В документах XIX — начала XX века её могли записывать как «Джангужин» или «Янгужин» — из-за разницы в передаче звуков «ж/дж/й» при записи в метрических книгах.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были из тептярей или башкир-вотчинников, реже — из казаков. Прозвище или имя Жангужа мог получить человек с живым, «душевным» характером или, наоборот, тот, кого считали «душой компании». В любом случае, фамилия прямо указывает на личное имя предка, которое было дано с добрым пожеланием.