Фамилия Жанибекова образована от тюркского мужского имени Жанибек. Это составное имя, и его части несут весомую смысловую нагрузку. Первая часть, «жан» (или «джан»), восходит к древнетюркскому понятию «душа», «дух». В переносном значении это слово означало «близкий, дорогой, как сама душа». Вторая часть — «бек» — изначально была военным термином, обозначавшим предводителя, князя или господина. Со временем «бек» превратилось в устойчивый антрополексемный компонент, который активно использовали при создании сложных тюркских имен. Таким образом, имя Жанибек в буквальном переводе означает «дорогой повелитель».

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе имени добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Женская форма Жанибекова говорит о том, что носительница происходит из рода человека по имени Жанибек. Такая модель образования фамилий характерна для многих народов, долгое время живших в тесном контакте с русской культурой, особенно для тюркоязычных групп населения.

Процесс закрепления фамилий у разных народов проходил неравномерно. В некоторых регионах фамилии окончательно оформились только в советское время, поэтому точное место и время возникновения рода Жанибековых можно установить лишь в ходе специальных генеалогических изысканий.