Фамилия Жаныбекова происходит от тюрко-мусульманского мужского имени Жаныбек, которое относится к группе составных имён с компонентом «бек». Вторая часть имени — «бек» — изначально была древнетюркским военным термином, означавшим «князь, повелитель, господин». Со временем это слово превратилось в антрополексему — частый элемент при образовании сложных тюркских имён. Первая часть имени восходит к древнетюркскому «джан» (в русском написании часто передаётся как «жан»), что значит «душа, дух», а также «близкий, дорогой, как душа». Таким образом, имя Жаныбек буквально означает «дорогой повелитель».

Фамилия образована по русской модели с помощью суффикса -ов- и окончания -а, характерного для женского варианта. Мужская форма — Жаныбеков. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде тюркских народов, вошедших в состав Российской империи, где к местным именам присоединяли русский патронимический суффикс. Фамилия закрепилась в казахской и киргизской среде, где имя Жаныбек (варианты: Жанбек, Джаныбек) встречается до сих пор.

Процесс формирования фамилий у тюркских народов был длительным и неравномерным. Окончательно сказать, когда и где именно оформился род Жаныбековых, можно только по результатам конкретных генеалогических разысканий. Однако ясно, что предок носителя этой фамилии был человеком, которого окружающие называли Жаныбек — либо по имени, данному при рождении, либо, что реже, в качестве почётного прозвища, подчёркивавшего его уважаемое положение.