Фамилия Жапакова образована от мужского имени или прозвища Жапак, которое в тюркских языках имеет два основных значения. Первое — «воротник» или «накидка», второе — «челюсть» или «скула». В переносном смысле прозвище могло указывать на человека с крупными скулами, широким лицом или, наоборот, на того, кто носил характерную одежду с большим воротником. Встречается и версия, что Жапак — производное от арабского имени Джафар, адаптированного в тюркской среде.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий тюркского происхождения: основа Жапак плюс суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую форму. То есть Жапакова — вариант по мужу или отцу, а мужская форма — Жапаков. Такие фамилии массово возникали в XVI–XIX веках, когда русские писцы фиксировали инородцев и крещёных татар, башкир, казахов, киргизов, присоединяя к их именам стандартный русский патронимический суффикс.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Поволжье (особенно Татарстан и Башкортостан), Урал, а также Северный Кавказ и Средняя Азия. Встречается и у киргизов, где имя Жапак известно с древности, но там фамилия часто пишется как Жапаков или Жапакеев, а у русскоязычных — через «о» в суффиксе.

Самая редкая деталь: в русских говорах слово «жапак» могло означать «заяц» или «ушастый» — такое диалектное значение фиксируется в некоторых сибирских областях. Если предки носителя фамилии жили в Сибири, прозвище могло быть чисто русским, а не тюркским, и относиться к человеку с большими ушами или быстрому, пугливому нраву.

Сословная принадлежность у Жапаковых не закреплена: среди носителей есть и крестьяне, и казаки, и духовенство. В XIX веке фамилия встречается в метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний, где её носили как крещёные татары, так и русские переселенцы.