Фамилия Жаворонкин образована от мирского имени или прозвища Жаворонок. На Руси до введения обязательных фамилий были широко распространены имена, данные не при крещении, а в быту, — часто от названий животных, птиц или растений. Жаворонок в народном сознании — птица «божья», чистая, одна из первых вестников весны. Поэтому имя Жаворонок могли дать ребёнку как пожелание лёгкости, звонкого голоса или связи с природой.

Не исключён и вариант с прозвищем. Жаворонком могли назвать человека, который вставал затемно (жаворонки поют на заре) или обладал звонким, красивым голосом. Такое прозвище закреплялось за одним человеком, а его дети уже получали фамилию по отцу: Жаворонков сын — Жаворонкин.

В исторических документах встречается упоминание: Жаворонок, слуга казанского архиепископа, 1569 год. Это показывает, что имя-прозвище бытовало в XVI веке среди разных сословий. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — жаворонкин, то есть сын или потомок Жаворонка. Такая модель типична для фамилий, образованных от слов мужского рода на -а/-я.

Однокоренные фамилии — Жаворонков (с суффиксом -ов, более распространённым в северных и центральных регионах) и Жаворонковский (с фамильным суффиксом -ский, характерным для польской шляхты или духовенства). Форма Жаворонкин встречается реже, что делает её географически и социально более локальной.