Фамилию Жаворонкин, как и многие другие «птичьи» фамилии, образовали от мирского имени или прозвища. В старину на Руси имя Жаворонок давали не в честь святого, а как личное, бытовое имя. Такие имена были распространены: родители могли назвать ребёнка в честь птицы, желая ему перенять её качества. Жаворонок на Руси считался «божьей» птицей — чистой, светлой, одной из первых вестников весны.

В основе фамилии лежит типичная для русского языка словообразовательная модель: основа «Жаворонок» + суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Фамилии на -ин обычно образовывались от слов, оканчивающихся на -а/-я. Жаворонок — мужского рода, но слово склонялось по образцу «сын Жаворонка», поэтому форма «Жаворонкин» означает «чей?» — «сын Жаворонка». Суффикс -ин здесь так же естественен, как в фамилиях Пушкин или Репин.

Впрочем, не обязательно, что имя давали при рождении. Прозвище Жаворонок мог получить человек, который рано вставал (жаворонки поют на заре) или обладал звонким, чистым голосом. В исторических документах есть подтверждение: в 1569 году упоминается Жаворонок, слуга казанского архиепископа. Эта запись из работ С. Б. Веселовского показывает, что имя бытовало в XVI веке в среде духовенства и прислуги. Правда, о точном месте и времени возникновения самой фамилии Жаворонкин сегодня говорить сложно — процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, и в разных регионах мог происходить по-разному.

Фамилия Жаворонкины — форма множественного числа, характерная для обозначения целого рода или семьи. Такая форма нередко встречалась в деловой переписке XIX века, когда писали «Жаворонкины» в значении «семья Жаворонкиных». Сейчас это просто вариант фамилии, не меняющий её смысла. В отличие от более частых Жаворонковых (с суффиксом -ов), форма на -ин встречается реже, что делает её своеобразным маркером: она могла закрепиться в местностях, где преобладал именно этот тип фамилий (например, в северных и центральных губерниях России).