Фамилия Жаворонкова образована от мужского имени или прозвища Жаворонок. В основе лежит название птицы, которое могло стать мирским именем по древней славянской традиции — нарекать детей именами животных и птиц, чтобы задобрить природу или передать ребёнку качества тотемного существа. Жаворонок в народной культуре считался «божьей» птицей, чистой и светлой, поэтому имя сулило его носителю покровительство высших сил.

Однако не обязательно речь идёт о дохристианском обычае. Прозвище Жаворонок могли дать и взрослому человеку — по двум главным приметам: либо тот рано вставал (жаворонок поёт на заре, а в крестьянском быту — «вставать с жаворонками»), либо обладал звонким голосом. Вторая версия правдоподобна, если учесть, что пение жаворонка — одна из самых узнаваемых примет русского пейзажа, и прозвище могло закрепиться за певчим или заговорщиком.

Историческое подтверждение фамильной основы находим у С. Б. Веселовского: в 1569 году записан Жаворонок, слуга казанского архиепископа. Эта запись показывает, что уже в XVI веке имя-прозвище бытовало в служилой среде, а не только среди крестьян. Значит, фамилия Жаворонкова могла возникнуть в разных сословиях.

Фамилия построена по типичной русской модели: основа Жаворонок + суффикс -ов (в женском роде — -а). Такая форма указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Жаворонка». Фамилии на -ов/-ев обычно носили крестьяне и мещане центральной России, так что географически корни Жаворонковых стоит искать в средней полосе, где жаворонок — обычная птица, а не в северных лесах или южных степях.

Редкость фамилии в том, что она сохранила полную, нередуцированную основу — в отличие от более частых Жаворонкиных или упрощённых Жавронковых. Это говорит о том, что носители дорожили исходным прозвищем и не «съедали» гласную в бытовой речи.