Фамилия Жданникова — женская форма фамилии Жданников, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного суффикса. Большинство русских фамилий на -ов/-ев или -ин образуются от патронимов (сын Ивана — Иванов). Здесь же мы видим суффикс -ник, который в фамилиях встречается реже и обычно указывает на принадлежность к роду занятий или характерный признак. Получается цепочка: основа Ждан- плюс -ник, затем типичное -ов.

Корень «ждан-» происходит от древнерусского нецерковного имени Ждан. Так называли долгожданного, желанного ребёнка, особенно если в семье до него дети умирали или рождались только девочки. Имя было распространено в XV–XVII веках, встречается в документах: например, крестьянин Жданко Иванов упоминается в новгородских писцовых книгах. От этого имени образовалась фамилия Жданов — одна из самых частых. А Жданников — более редкий вариант.

Суффикс -ник в основе фамилии мог означать «человек, связанный с Жданом»: возможно, так называли слугу или работника человека по имени Ждан. В русских говорах «жданник» — не только производное от имени, но и диалектное слово: в некоторых областях так называли того, кто долго ждёт, или даже свадебного чина, который задерживал процессию. Впрочем, для фамилии основная версия — патронимическая, от имени с редким словообразовательным элементом.

Географически фамилия Жданников (и Жданникова) тяготеет к центральным и северным регионам России, особенно к бывшим Вятской, Костромской и Вологодской губерниям — там имя Ждан было особенно популярно. Встречается она нечасто, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических поисков.

Сословно предки Жданниковых скорее всего были крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В XIX веке фамилия фигурирует в метрических книгах сельских церквей, что подтверждает её простонародное происхождение.