Фамилия Жданников образована от имени Жданник — разговорной формы крестильного имени Иоанн. В русской народной среде имя Иоанн (от древнееврейского «Яхве милостив») давало десятки производных: Иван, Ваня, Ванечка, а также Ждан, Жданко, Жданник. Вторая основа здесь — тот же корень, что в слове «ждать». В древнерусском быту имя Ждан давали долгожданному, позднему ребёнку, которого родители ждали долго или который родился после смерти предыдущих детей. Такое имя-оберег должно было «задержать» ребёнка в семье, уберечь от болезней. Суффикс -ник в основе Жданник характерен для севернорусских и сибирских говоров: так образовывали уменьшительно-ласкательные или обиходные формы от имён (ср. Иванник, Петрунник). А суффикс -ов в окончании фамилии указывает на принадлежность: Жданников буквально означает «сын Жданника».

Встречается фамилия в основном в старообрядческих и крестьянских регионах — в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях, а также на Урале. Там имя Ждан было особенно популярно в XVI–XVII веках, и от него пошли целые гнёзда фамилий: Жданов, Жданкин, Жданович, Жданников. Последняя форма, с двойным суффиксом -ник- + -ов, встречается реже остальных, что делает её более локальной. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Жданники в Сольвычегодском уезде, но отделить прозвище от фамилии в тех записях сложно.

Ошибочно связывать фамилию с профессией или ремеслом: никакого «жданника» в словарях древнерусских специальностей нет. Версия о происхождении от прозвища «Ждан» (постоянно ждущий человек) возможна, но менее вероятна — в антропонимии имя всегда первичнее прозвища, если оно имеет чёткий аналог в календаре. Ударение в фамилии — на первый слог: Жда́нников, как и в исходном имени Ждан. Сейчас носителей фамилии немного, она не входит в сотни самых распространённых, но устойчиво держится в регионах традиционного русского Севера.