Фамилия Жекова чаще всего женская — это форма мужской фамилии Жеков. В её основе лежит прозвище Жек. Одна из версий связывает его с румынским глаголом jecui — «грабить». Тогда Жеком на южнорусских или молдавских землях могли прозвать разбойника или мошенника. Такое объяснение выглядит правдоподобно, если учесть, что фамилия встречается среди носителей, чьи предки жили в пограничных с Румынией и Молдавией регионах.

Есть и другая версия — тюркская. В казахском языке «жек» означает «дрофа-красотка» (степная птица). Однако прозвище по названию птицы давали не столько за внешнее сходство, сколько за особенности поведения или работы. В народе дрофа ассоциировалась с тяжелым трудом: эта птица много времени проводит в поисках корма, и её нередко называли трудягой. Так что прозвище Жек мог получить человек, занятый изнурительной работой, не знающий отдыха.

Обе версии — румынская и казахская — имеют право на существование, и выбор между ними зависит от того, в какой среде и в какой местности фамилия возникла. В русской ономастике фамилия Жекова остаётся довольно редкой: в официальных списках она почти не встречается, а основная масса носителей сосредоточена в южных областях России и в Казахстане. Форма с суффиксом -ов(-а) указывает на типичную русскую патронимическую модель: Жекова — буквально «дочь или жена Жека».