Фамилия Жемер — редкая и с неочевидной основой. Скорее всего, это не русская фамилия, а украинская или белорусская. На это указывает суффикс -ер, который нехарактерен для исконно русских фамилий, образованных от прозвищ (там обычно -ов, -ев, -ин). В славянских языках -ер часто появляется при заимствованиях через польское или немецкое посредство.

Самая вероятная версия возводит основу к слову «жемериться» или «жеме́ра». В украинских и белорусских говорах так называли человека, который жмется, скупится или жалуется. В словаре украинского языка Бориса Гринченко «жеміритися» означает «скупиться, жалеть», а «жеміра» — это скряга. Фамилия Жемер, таким образом, могла быть прозвищем прижимистого или вечно недовольного человека. Прозвища по характеру давали очень часто, и со временем они закреплялись за потомками.

Вторая версия, менее распространенная, связывает фамилию с диалектным словом «жеме́рка» — так в некоторых русских областях называли мелкую монету или долю. В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который считал каждую копейку, или, наоборот, к тому, кто платил мелочью.

Модель образования проста: прозвище Жемер (или Жемера) без дополнительного суффикса сразу стало фамилией. Это типично для украинской и белорусской ономастики, где фамилии на -а, -о, -ер нередко обходятся без патронимических окончаний. В русской среде такая фамилия могла позже получить окончание -ов (Жемеров), но вариант Жемер сохранился как исходный.

Географически фамилия тяготеет к западу: встречается в исторических записях Волынской, Гродненской и Минской губерний. В центральной России она редка.

Ударение, по аналогии с украинским произношением, скорее всего, падает на первый слог: Же́мер. В русском языке иногда смещается на второй: Жеме́р.