Фамилия Жемера — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, стоит в первую очередь посмотреть на окончание -а. В русских фамилиях такое окончание в именительном падеже обычно указывает на украинское, белорусское или польское происхождение (сравните: Шевченко, Коваль, Глинка). Скорее всего, Жемера — это украинская или белорусская фамилия, которая образовалась от прозвища без добавления типичных русских суффиксов -ов или -ин.

Основа «жемер» звучит необычно. Наиболее вероятная версия связывает её с диалектным словом «жемерить» — то есть чахнуть, болеть, быть слабым или жалким. В некоторых говорах «жемера» могли называть вялого, хилого или капризного человека. Такие прозвища по внешним или поведенческим признакам в народе давали часто: Кривой, Хромой, Лихой. Фамилия Жемера, таким образом, могла закрепиться за предком, который отличался болезненностью или медлительностью.

Вторая, менее очевидная версия — связь с литовским словом žemė (земля). В пограничных с Литвой районах Беларуси фамилии с корнем «жем-» могли возникнуть как указание на крестьянина, земледельца или просто на человека, тесно связанного с землёй. Однако эта гипотеза менее убедительна: фамилии от слова «земля» обычно имеют суффиксы (Земляк, Земцов), а форма «Жемера» больше похожа на прозвищную.

Суффикса в фамилии нет — она «чистая», без наращений. Это говорит о том, что она могла закрепиться в устной речи ещё до того, как фамилии стали массово оформлять документально. Географически фамилия встречается в основном в западных регионах Украины и в юго-восточной Беларуси, что подтверждает её западнорусское или польское влияние. Носители фамилии Жемера, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища были особенно живучи.