Фамилия Жемеркин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не оставило следов в письменных источниках, но хорошо восстанавливается по живым говорам. Основа — «жемерка» — слово с двумя возможными значениями, и оба связаны с характером или внешностью человека.

Наиболее вероятная версия: в южнорусских и украинских говорах «жемерка» означала человека маленького роста, щуплого или тщедушного. Слово образовано от глагола «жемериться» — горбиться, сжиматься, жаться. Прозвище Жемерка могли дать невысокому, сутулому или болезненному мужчине. Вторая версия, менее распространённая, выводит прозвище от «жемер» — скупой, жадный, скряга. В некоторых диалектах так называли человека, который «жмётся» при расходах.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жемеркин буквально значит «сын Жемерки». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия закрепилась в центральных и южных областях России, но встречается редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища в конкретной деревне или волости.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень ЖЕМЕРК- (от «жемерка») плюс фамильный суффикс -ИН. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: ЖЕмеркин, хотя в разговорной речи возможны варианты. Однокоренные фамилии — Жемеров, Жемеря, Жемерин — тоже редки и имеют ту же диалектную основу.

Сословной привязки у Жемеркиных нет: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за посадским человеком. Письменные фиксации фамилии в документах XVII–XVIII веков не обнаружены, что типично для прозвищ, не попавших в боярские списки или писцовые книги. Фамилия — живое свидетельство того, как меткое диалектное слово, описывающее внешность или характер, становилось родовым именем.