Фамилия Жигуновя — редкий случай, когда написание напрямую указывает на регион происхождения. Перед нами не стандартная русская форма на -ов или -ин, а вариант, характерный для белорусского и, реже, украинского ономастикона. Суффикс -овя (при ударении на последний слог — Жигуно́вя) — это усечённый вариант притяжательного суффикса -ов, который в белорусском языке часто обретает окончание -я под влиянием местных говоров. Проще говоря, фамилия отвечает на вопрос «чей?»: Жигуновя — буквально «сын или потомок Жигуна».

Основа фамилии — прозвище Жигун. В русских говорах «жигун» — это человек, который «жигает», то есть жжёт, поджигает. Слово могло закрепиться за несколькими типами людей. Самое вероятное бытовое значение — поджигатель, возможно, не злонамеренный, а тот, кто работал с огнём: кузнец, смолокур, углежог или даже истопник. В южнорусских и украинских диалектах «жигун» иногда называли озорника или беспокойного человека, который «горит» на работе или в ссоре. Есть и более прозаичная версия: в некоторых областях жигуном звали насекомое-овода, и прозвище могло достаться надоедливому или назойливому человеку.

С точки зрения словообразования, фамилия Жигуновя стоит в одном ряду с такими белорусскими фамилиями, как Ковалёвя, Гончарёвя или Кузнецовя. Все они образованы по одной модели: основа (профессия или прозвище) + патронимический суффикс + окончание -я. Такие фамилии практически не встречаются в центральной России, а характерны для западных областей — Витебщины, Могилёвщины, а также для приграничных районов Брянской и Смоленской областей, где сильно белорусское влияние. Встречается и написание Жигунов, но именно форма с -я — более точный маркер белорусского корня.

Написание фамилии через «я» на конце нередко приводило к путанице при записи в документах. В XIX веке писарь мог записать её и как Жигунов, и как Жигуновя, ориентируясь на произношение. Поэтому, если в семье есть предание о переселении с запада на восток, именно эта фамилия — прямое тому подтверждение. Предок, носивший прозвище Жигун, скорее всего, был либо ремесленником, связанным с огнём, либо человеком с живым, «жгучим» характером, а сама фамилия закрепилась в форме, типичной для белорусского крестьянства.