Фамилия Жилькова — женская форма фамилии Жильков, и её разбор стоит начать с мужского варианта. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Жилька. В русских говорах «жилька» могло означать «жилец», «постоялец», «квартирант» — человека, который снимает жильё, не имеет своего дома. Такое прозвище давали пришлому человеку, временному работнику или тому, кто часто менял место жительства.

Модель образования проста: суффикс -ов- (в женском варианте -ова) присоединился к основе «Жильк». По этой схеме в русском языке создавались фамилии от прозвищ, оканчивающихся на согласный (Жилька → Жильков, как Кузнец → Кузнецов). Фамилии на -ов исторически были самыми распространёнными на севере и в центральной России, особенно среди крестьян и посадских людей.

Есть и вторая, менее вероятная версия: происхождение от уменьшительной формы имени Ефим или Филимон. В народе эти имена нередко сокращали до «Жиля» или «Жилька». Если это так, то фамилия отчественная: Жильков — сын Жильки, то есть сын человека по имени Жилька. Однако объяснение через прозвище «жилец» более логично, так как имя Жилька в документах встречается реже, чем прозвищное употребление слова.

Фамилия Жилькова не относится к числу дворянских или старинных аристократических. В ревизских сказках и писцовых книгах XVII–XVIII веков Жильковы встречаются в основном среди крестьян и однодворцев южных губерний — Тульской, Рязанской, Орловской. Там слово «жилька» в значении «чужак» или «пришлый» было особенно употребительно. В современной России фамилия распространена неравномерно: заметно чаще встречается в Поволжье и на Урале, что может говорить о миграции носителей в ходе освоения новых земель.

Однокоренные фамилии — Жилин, Жильцов, Жиляев. Все они восходят к тому же корню «жи-», связанному с жизнью, проживанием. Но Жилькова выделяется именно суффиксом -к-: он указывает на прозвище, а не на прямое отчество от имени. Так что предок носительницы фамилии, скорее всего, был человеком без постоянного крова — не бедняком, а тем, кто жил «на подворье», у чужих людей.