Фамилия Жилковы образована от прозвища Жилко, а оно, в свою очередь, восходит к слову «жила». В русских говорах у этого слова несколько значений. Первое — «подземное родниковое русло с протекающей по нему водой». Второе, более известное, — «скупой, жадный человек». Однако прозвище Жилко могло иметь и положительный оттенок: так называли сильного, крепкого, выносливого человека, буквально «жилистого». Есть и третья, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «жила» означала также «жизнь» или «живучесть», и прозвище могло закрепиться за человеком, который очень любил жизнь и умел радоваться ей.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ов присоединялся к основе прозвища, указывая на принадлежность — «чей?» — «сын Жилко». Со временем форма закрепилась как наследственная фамилия. О точном месте и времени возникновения фамилии Жилков говорить сложно, так как процесс формирования фамилий был длительным, а прозвище Жилко встречалось в разных регионах независимо друг от друга.

Интересно, что в старых документах фамилия могла записываться и через «о» — Жилков, и через «а» — Жилкав, в зависимости от местного акающего произношения. Это не меняет смысла, но добавляет сложности при генеалогическом поиске. Среди однокоренных фамилий — Жилин, Жилов, Жилкин — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами, что указывает на разные варианты прозвища или разные диалектные формы.