Фамилия Жилковский — яркий пример того, как географическое прозвище превратилось в родовое имя. Её основа — топоним, то есть название населённого пункта. В Польше, Беларуси и на западе Украины существовало и существует множество сёл и хуторов с корнем «Жилк-» или «Жилков-» (например, Жилково, Жилки). Человек, переехавший из такого места, получал прозвище «жилковский» — то есть «тот, кто из Жилкова». Суффикс -ский в этой модели — классический указатель на связь с местностью, особенно распространённый у шляхты и духовенства.

Менее вероятный, но возможный вариант — происхождение от прозвища Жилка. В старину «жилкой» называли не только кровеносный сосуд, но и скупердяя, скрягу. Однако для фамилий на -ский такой путь нетипичен: обычно прозвищные фамилии образуются через суффиксы -ов/-ев или -ин. Поэтому топонимическая версия выглядит убедительнее, тем более что фамилия явно несёт польско-белорусский отпечаток: в центральной России форма Жилковский встречается редко, а в западных губерниях — гораздо чаще.

Обратите внимание на ударение. В большинстве говоров оно падает на второй слог: Жилко́вский. Это тоже работает как маркер: если фамилия происходит от названия Жилково, ударение естественно остаётся на том же месте. Встречается и вариант Жилковски́й, но он характерен для украинизированной или русифицированной среды, где суффикс -ский перетягивает ударение на себя.

Социальный контекст говорит о том, что носители фамилии, скорее всего, были мещанами или мелкой шляхтой. Крестьяне в массе своей получали фамилии на -ов/-ев, а -ский указывал либо на дворянское происхождение, либо на принадлежность к городскому сословию или духовенству. В случае Жилковских — почти наверняка переселенцы из какого-нибудь небольшого местечка, которые взяли фамилию по месту выхода, чтобы отличаться от однофамильцев в многолюдном городе.

В написании фамилии нет вариативности: двойное «с» в суффиксе — норма для русского языка, хотя в польском оригинале могло быть Żyłkowski с буквой «ł» и мягким знаком. При переходе в русскую среду твёрдое «л» закрепилось, а корень остался без изменений.