Фамилия Жукков — один из тех случаев, когда двойная буква в корне не случайна, а является ключом к происхождению. В отличие от распространённой фамилии Жуков, образованной от слова «жук» (насекомое или прозвище ловкого, тёмного человека), Жукков имеет иную основу. Скорее всего, перед нами патроним — фамилия, произведённая от неканонического имени или прозвища Жукко. Удвоенное «к» в корне — характерная черта финно-угорских и севернорусских говоров, где существовала уменьшительная форма с суффиксом -ко (Жукко). Так на Русском Севере, в Карелии и Прионежье называли человека по отцу: «чей сын?» — «Жукков», то есть потомок Жукко.

Модель образования здесь та же, что и в фамилиях Петров (от Петр) или Иванов (от Иван), но с редуцированным окончанием. Если бы фамилия писалась через одно «к» (Жуков), она бы указывала на прямое родство с человеком по прозвищу Жук. Но двойное «к» жёстко привязывает носителя к конкретному лицу — Жукко. В ономастике это редкий случай, когда орфография сохраняет архаичную диалектную форму, не стёртую поздней унификацией.

Вторая, менее вероятная версия — связь с топонимом. В некоторых регионах существовали деревни с названием Жукково (с двойным «к»), но тогда фамилия должна была бы писаться как Жукковский или Жукков. Для крестьянской среды, откуда чаще всего и выходят такие фамилии, типичнее прозвищное происхождение.

Социальный контекст прост: фамилия явно недворянская. Она характерна для крестьянского и мещанского сословия, особенно для северных и северо-западных губерний Российской империи — Архангельской, Олонецкой, Вологодской. Встречается и у карелов, и у русских старожилов тех мест. Носители фамилии Жукков — потомки людей, которых в быту звали ласково или уменьшительно, но с чёткой привязкой к отцу: «Жукко, сын такого-то». Со временем это прозвище закрепилось как родовое имя, сохранив в письме редкую для русского языка двойную согласную.