Фамилия Жуковин образована по модели, которая встречается реже, чем стандартные Жуков или Жукин. В её основе лежит прозвище Жук, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Жуковин, то есть сын или потомок Жука. В некоторых говорах жуком называли черноволосого человека, но в древнерусской традиции имя-прозвище Жук давали с другой целью. Считалось, что, называя ребёнка в честь животного или насекомого, родители «вручали» его природе, чтобы та защищала и передала малышу нужные качества.

Люди с прозвищем Жук встречаются в документах с XV века, причём в самых разных слоях общества. В писцовых книгах 1500 года упомянут Жук Левшин, сын Брюхатого, помещик в Сабельском погосте. В 1545 году в Овруче записан крестьянин Жук Прихожий, а в 1626 году — мещанин Прокоп Жук. Такая широкая география и социальный разброс говорят, что прозвище было обиходным, а не сословным.

Фамилия Жуковин закрепилась в северных и центральных областях России, особенно в Вятской и Пермской губерниях. Там суффикс -ин в фамилиях от прозвищ на -ко, -ок, -ук встречается чаще, чем в южнорусских землях, где предпочли бы форму Жуков. Таким образом, Жуковин — не просто вариант, а указание на диалектную и региональную традицию словообразования. Потомок человека по прозвищу Жук со временем и получил эту фамилию, сохранив в ней память о предке.