Фамилия Жуковин — один из вариантов, образованных от прозвища Жук. В основе лежит не столько насекомое, сколько народные представления о его свойствах. В древнерусской традиции давать ребёнку «обережное» имя (например, Жук, Волк, Медведь) было распространённым способом защитить его от сглаза или злых сил: считалось, что природа примет малыша за своего.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Обычно от прозвища Жук образовывали фамилии с суффиксом -ов (Жуков) или -евич (Жукевич). Фамилия Жуковин использует суффикс -ин, что типично для притяжательных прилагательных от основ на -а/-я: Жуковин буквально означает «чей?» — «сын Жука». Однако в этом случае исходная форма могла быть не Жук, а Жукова или Жуко — полное прозвище или усечённое имя. Встречается и объяснение через диалектное «жуковина» — так в некоторых говорах называли жука-оленя или крупное насекомое, что могло закрепиться как прозвище.

В исторических документах прозвище Жук фиксируется с XV века, причём у людей разного сословия: от помещиков до крестьян. Например, Жук Левшин упоминается в 1500 году как помещик в Сабельском погосте, а Прокоп Жук — как мещанин в 1626 году. Фамилия Жуковин встречается реже, чем Жуков, что указывает на её более локальное бытование — скорее всего, она закрепилась в одной семье или в узком регионе, где суффикс -ин был продуктивен для образования фамилий от прозвищ на согласный.

Отметим и другую, менее вероятную, версию: связь с топонимом Жуково или Жуковина — название деревни, откуда мог происходить родоначальник. В этом случае фамилия указывала бы не на прозвище, а на место жительства. Однако в ономастике чаще принимают версию с прозвищем, поскольку она подтверждается и историческими записями, и параллелями в других славянских фамилиях.

Точное время возникновения фамилии Жуковин установить сложно: процесс закрепления фамилий в разных слоях населения растянулся на несколько столетий. Можно лишь сказать, что она относится к древнему пласту русских фамилий, возникших до XVII века, когда прозвища начали переходить в наследственные именования.