Фамилия Жыгунов — редкий случай, когда написание и произношение расходятся с тем, что мы привыкли слышать. В русском языке фамилия обычно пишется через «и» — Жигунов, и связана с рекой Волгой и Жигулёвскими горами. Вариант с «ы» — Жыгунов — выбивается из нормы и сразу указывает на нерусское, скорее всего, украинское или белорусское происхождение. В этих языках после шипящих и «г», «к», «х» в корне может писаться «ы» там, где по-русски стоит «и». Поэтому перед нами не опечатка, а сознательная народная этимология, закреплённая в документах.

Основа фамилии — прозвище Жыгун. В южнорусских и украинских говорах «жыгун» означало «жиган», «плут», «пройдоха» — человека бойкого, изворотливого, способного выкрутиться из любой переделки. Слово происходит от глагола «жигать» (жечь, палить) в переносном смысле: такой человек «жжёт» — быстро действует, не даёт себя в обиду. Встречалось и более конкретное значение — «цыган» (через форму «жиган»), но для фамилии Жыгунов первична именно характеристика характера, а не этническая принадлежность.

Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: Жыгунов — сын или потомок Жыгуна. Модель образования типична для восточнославянских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках. Если бы фамилия была чисто великорусской, она почти наверняка писалась бы через «и» и имела бы более широкое распространение. Ареал бытования варианта с «ы» — преимущественно западные области Украины, юг Белоруссии и прилегающие территории России (Брянщина, Курщина), где диалектное произношение сохранялось долго.

Интересно, что фамилия Жыгунов не связана с автомобилем «Жигули» (название появилось только в 1970-х) и не имеет отношения к одноимённому пиву. Это чисто прозвищная фамилия от живого народного слова. В отличие от версии о происхождении от названия гор, которая возможна для фамилии Жигунов, в случае с «ы» такая связь маловероятна: топоним «Жигули» пишется только через «и» и не даёт диалектного варианта с «ы».

Таким образом, предок носителя фамилии Жыгунов, скорее всего, был человеком с характером — быстрым, хитроватым, умеющим постоять за себя. Фамилия закрепилась в форме, отражающей местное произношение, и сегодня является ярким маркером регионального говора.