Фамилия Зилько — редкий пример того, как простое прозвище, связанное с травой и зеленью, превратилось в фамилию. В её основе лежит корень «зиль», который в некоторых славянских языках означает «зелень», «зелье» или просто «зелёный». Это не польская и не украинская фамилия, хотя суффикс -ко характерен для украинской и белорусской ономастики. Скорее всего, предок носителя фамилии Зилько жил на территории современной Украины или Беларуси.

Само прозвище Зилько, скорее всего, относилось к профессиональным именованиям. Человек с таким прозвищем мог быть зеленщиком — торговцем зеленью и овощами на базаре. Но есть и другая, более интересная версия: «зилье» в народной речи часто означало не просто траву, а целебное зелье, снадобье. Тогда Зилько — это знахарь, травник, собиратель лекарственных растений. Такое прозвище давали человеку, который разбирался в травах, лечил людей или скотину. Вторая версия правдоподобнее первой, потому что прозвища, указывающие на ремесло, обычно образовывались от названия самого ремесла, а не от товара: зеленщика скорее назвали бы Зеленщиком или Овощником, а вот собирателя трав — именно Зилькой.

Фамилия образована по простой модели: прозвище Зилько стало фамилией без добавления типичных суффиксов -ов, -ев или -ин. Это так называемая «усечённая» или «полупатронимическая» фамилия, характерная для украинской традиции. В русском языке такие фамилии встречаются реже, поэтому Зилько — яркий маркер западнорусского или малороссийского происхождения. В дореволюционных документах фамилия могла записываться с окончанием -а (Зилька), но со временем закрепилась форма на -о.

Однокоренных фамилий немного: Зильберг, Зильберман — это уже немецкие или еврейские варианты, к славянскому «зиль» они отношения не имеют. А вот фамилии Зиль, Зилькевич, Зильченко — явные родственники, образованные от того же корня. Встречается и вариант Зилько с ударением на первый слог, что может указывать на белорусское происхождение, где ударение часто фиксируется на первом слоге.