Фамилия Зиначев звучит редко, но её происхождение укладывается в несколько чётких моделей. Самая вероятная версия — она образована от прозвища или имени Зинач. Основа — краткая форма от канонического имени Зиновий (греч. «живущий по-божески»). В русской традиции такие сокращения давали на каждом шагу: Зиновий превращался в Зину, Зинаху, Зиня, а затем и в Зинача. Суффикс -ач в прозвищах часто указывал на деятеля или обладателя яркого признака (ср. Ткач, Горяч, Силач), так что Зиначем могли назвать человека по имени Зиновий или по схожему звучанию.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным словом «зинать» (знать, ведать) в некоторых южнорусских говорах. Тогда Зинач — тот, кто много знает, сведущий человек, возможно, знахарь или грамотей. Однако эта гипотеза слабее, потому что глагол «зинать» редок и не дал массовых прозвищ.

Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: Зиначев — буквально «сын Зинача» или «человек из рода Зинача». Фамилия оформлена по севернорусской и центральнорусской модели, где преобладали -ов/-ев, а не -ин. Географически Зиначевы могли встречаться в Тверской, Ярославской или Вологодской губерниях — именно там часто фиксировались фамилии на -ачев от личных имён (Терентий — Тереначев, Савва — Савачев). В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков эта фамилия не отмечена, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьяне массово получали фамилии.

Социальный слой носителей фамилии — в основном крестьяне или однодворцы. Дворянские роды Зиначевы неизвестны. В советских телефонных справочниках и базах военных учётов фамилия встречается единично, в основном на северо-западе России и в Поволжье. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Зиновьев (от полной формы имени) и Зинахин (от другой сокращённой основы). Зиначев стоит особняком — редкий пример, когда уменьшительное имя закрепилось с суффиксом -ач, характерным больше для прозвищ, чем для имён.