Фамилия Зинаков — это отчество второго порядка, то есть «сын Зинака и внук Зины». В основе лежит производная форма редкого мужского имени Зиновий, которая звучала как Зинак. Имя Зиновий переводится с греческого как «рождённый богом» или «богоугодно живущий». По другой, менее правдоподобной версии, за основу взяли производную форму женского имени Зинаида (от греческого «рожденная Зевсом»). Эта гипотеза слабее, потому что фамилии с суффиксом -ов почти всегда образовывались от мужских имён.

Суффикс -ак- в основе — важная деталь. Он указывает на украинские или белорусские корни фамилии. Именно в этих регионах уменьшительные формы имён с суффиксом -ак были особенно распространены. Получается, что предок носителя фамилии Зинаков жил на территории современной Украины или Беларуси, и в его окружении имя Зинак (от Зиновия) было привычным прозвищем или домашним именем. С течением времени форма «Зинаков» закрепилась как фамилия, передающаяся по наследству.